Generelt tåles MTX godt. Evt. bivirkninger svinder, når behandlingen ophører. Oftest ses leverpåvirkning som du som regel ikke selv mærker, men som konstateres ved blodprøver.
De hyppigste bivirkninger, man mærker er kvalme, opkastning, diarré og nedsat appetit.
For at reducere disse bivirkninger skal du tage tablet Folinsyre 5 mg dagen, før du skal have MTX.
Sjældne bivirkninger kan være øget tendens til blå mærker, blæner i munden, hovedpine, let hårtab, humørsvingninger (depression), lever- og nyrepåvirkning.
Meget sjældne bivirkninger kan være lungepåvirkning med hoste, hvis man har fået MTX i meget lang tid.