Generelt er der meget få bivirkninger ved 5-ASA præparater.
De bivirkninger, der hyppigst ses, er diarré, kvalme og mavesmerter. I sjældne tilfælde er set påvirkning af nyrer, lever og bugspytkirtel, hvorfor der bør tages blodprøver i den første tid efter start på behandlingen. Bivirkningerne kommer som regel i starten af behandlingen.
Mænd, der behandles med Salazopyrin, får nedsat sædkvalitet, der dog bliver normal igen ca. 3 måneder efter, behandlingen er ophørt.