Histaminintolerance er forårsaget af uligevægt mellem mængden af histamin og evnen til at nedbryde histaminet. Dette kan være forårsaget af et højt histaminindtag via kosten og/eller manglende evne til at nedbryde histamin.
En grundig udredning er nødvendig, inden der laves eventuelle ændringer i maden. Dette kan foregå hos praktiserende læge - oftest i samarbejde med speciallæge.
Raske personer kan udvikle hovedpine eller rødme, efter de har spist store mængder histamin fra mad, for eksempel dårlig fisk.
Hos histaminfølsomme personer med reduceret nedbrydningsaktivitet kan selv små mængder af histamin give symptomer.